Die zweite Auslobung fand Ende 2007 statt, die Mittel wurden 2008 verteilt. Von 119 Anträgen (davon 63 Anträge aus Gießen und 56 aus Marburg) konnten 39 Projekte berücksichtigt werden. Die Fördersummen lagen zwischen T€ 18 und T€ 99, insgesamt wurden für beide Standorte zusammen im Jahr 2008 2 Mio. € ausgeschüttet. Seit der Übernahme wurden 6 Mio. € bereitgestellt und somit ein wichtiger Beitrag zur Unterstützung der Forschung und Lehre an beiden Standorten geleistet.

Verfahren:
Die Klinik- und Institutsdirektoren werden in einer Ausschreibung aufgerufen, Projektanträge zu stellen (Aktuelle Ausschreibung im Herbst 2008). Um eine einheitliche Bewertung zu gewährleisten, wird der Aufbau der Anträge vorgegeben. Die Dekanate der beiden Fachbereiche Medizin nehmen eine Vorbegutachtung vor, die in ein Votum der betreffenden Fachbereichskommission mündet. Eine von der UKGM-Geschäftsführung eigens eingerichtete beratende Kommission gibt auf der Grundlage der Fachbereichsvoten eine Empfehlung an die Geschäftsführung, die letztendlich über die Mittelvergabe entscheidet. Projekte mit klinischem Bezug haben Priorität bei der Mittelvergabe. Besonders gefördert werden Nachwuchswissenschaftler, standortübergreifende und fachgebietsübergreifende Projekte. Der Förderzeitraum beträgt maximal zwei Jahre.